บริษัท โรงพยาบาลราชธานี จำกัด (มหาชน) เริ่มก่อตั้งในปี 2533 เพื่อดำเนินธุรกิจการให้บริการทางการแพทย์ โดยการดำเนินงานในช่วงแรกอยู่ภายใต้ชื่อ บริษัท อยุธยาเวชการ จำกัด โดยคณะแพทย์ผู้เชี่ยวชาญซึ่งส่วนใหญ่จบการศึกษาจากคณะแพทยศาสตร์ ศิริราชพยาบาล ซึ่งปัจจุบันเป็นกลุ่มผู้ถือหุ้นใหญ่ในบริษัท ได้แก่ นายแพทย์วชิระ วุฒิกุลประพันธ์ แพทย์หญิงพรทิพย์ วุฒิกุลประพันธ์ และนายแพทย์สุรินทร์ ประสิทธิ์หิรัญ โดยร่วมกับนักธุรกิจชั้นนำในพื้นที่จังหวัด พระนครศรีอยุธยา ซึ่งมองเห็นความขาดแคลนการให้บริการทางด้านสาธารณสุขของประชาชนในบริเวณจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งเป็นแหล่งที่ตั้งของโรงงาน อุตสาหกรรมขนาดใหญ่จำนวนมาก แต่การให้บริการของสถานพยาบาลต่าง ๆ ในเขตจังหวัดพระนครศรีอยุธยาและจังหวัดใกล้เคียงยังมีจำนวนไม่เพียงพอต่อความต้องการ จึงได้ตัดสินใจก่อตั้งโรงพยาบาลราชธานีขึ้นในบริเวณตำบลคลองสวนพลู อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งอยู่ในทำเลที่มีการเติบโตสูง และอยู่ใกล้ถนนสายหลัก ได้แก่ ถนนสายเอเชีย และถนนโรจนะโดยได้เริ่มเปิดดำเนินงานในปี 2535 ซึ่งได้รับการตอบรับเป็นอย่างดีจากประชาชนจังหวัดพระนครศรีอยุธยา และจังหวัดใกล้เคียงตลอดมา

นอกจากนี้ การประกาศใช้พระราชบัญญัติประกันสังคมตั้งแต่ปี 2535 ของภาครัฐ เพื่อยกระดับการให้บริการด้านสาธารณสุขแก่ประชาชน และเป็นหลักประกันขั้นพื้นฐาน แก่สมาชิกผู้เข้าร่วมให้ได้รับการรักษาพยาบาลและสนับสนุนด้านรายได้ในยามเจ็บป่วย ซึ่งบริษัทได้เล็งเห็นถึงความสำคัญดังกล่าว รวมทั้งโอกาสในการให้การรักษาพยาบาล แก่ประชาชนในจังหวัดที่มากขึ้น จึงได้ตัดสินใจเข้าร่วมโครงการดังกล่าวตั้งแต่ปี 2537 จนถึงปัจจุบัน ส่งผลทำให้บริษัทมีรายได้จากโครงการประกันสังคมเข้ามาสนับสนุน อีกทางหนึ่งปัจจัยหลักที่บริษัทให้ความสำคัญเสมอมา คือ การพัฒนาคุณภาพในการให้บริการ และความสามารถในการรักษาพยาบาลของบุคลากร ซึ่งส่งผลให้ผู้ป่วยที่เข้ามาใช้บริการ มีความพึงพอใจในคุณภาพการให้บริการ ทำให้บริษัท ได้รับความไว้วางใจจากประชาชนในพื้นที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยาและจังหวัดใกล้เคียงตลอดมา ซึ่งปรัชญาในการ ดำเนินธุรกิจดังกล่าวสะท้อนให้เห็นเด่นชัดอยู่ในคำขวัญของโรงพยาบาลที่ว่า “อบอุ่นดั่งบ้าน บริการดั่งญาติ ในราชธานี”

ในปี 2557 บริษัทมองเห็นโอกาสในการเพิ่มช่องทางการรับบริการและขยายกำลังการให้บริการรักษาพยาบาลแก่คนไข้ในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยเฉพาะกลุ่มผู้ป่วย จากนิคมอุตสาหกรรมในพื้นที่ใกล้เคียง บริษัทจึงได้เข้าลงทุนในบริษัท โรงพยาบาลโรจนเวช จำกัด ซึ่งตั้งอยู่บนถนนโรจนะ-วังน้อย บริเวณใกล้ กับนิคมอุตสาหกรรมโรจนะ และต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น บริษัท โรงพยาบาลราชธานี โรจนะ จำกัด และดำเนินธุรกิจโรงพยาบาลภายใต้ชื่อ “โรงพยาบาลราชธานี โรจนะ” ปัจจุบัน บริษัท โรงพยาบาลราชธานี จำกัด (มหาชน) มีทุนจดทะเบียนรวม 300 ล้านบาท